吴祖云，男，汉族，1968年9月出生，浙江海宁人，2000年9月加入中国共产党，1988年8月参加工作，中央党校大学学历。曾任嘉兴市卫生防疫站防疫科副科长、科长；嘉兴市疾病预防控制中心传染病防制科科长；嘉兴市卫生局卫生监督与疾病控制处副处长、处长；嘉兴市爱卫办常务副主任；嘉兴市卫生和计划生育委员会规划财务处处长；嘉兴市卫生健康委员会办公室主任、规划财务处处长（兼）、四级调研员；2019年8月，任嘉兴市卫生健康委员会党委委员；2020年4月，任嘉兴市卫生健康委员会副主任。